L'origine di Foggia si collega alla storia di Arpi, quest'ultima fondata verso il 2740 da Diomede re dell'Etolia che sposò la figlia del re Dauno. Arpi fu una delle fiorenti repubbliche della Magna Grecia ;alleata dei Tarantini nella guerra contro i Messepi ; fu alleata di Roma, poi nemica, essendosi affiancata ad Annibale ed è noto che dopo la ritirata di costui, Arpi subì la sorte dei vinti.I Saraceni trovandola debole la devastarono e nel x secolo, dalle rovine e dai resti di Arpi , sorse poco lontano la città di Foggia che gli antichi latini chiamarono coi nome: Eccana, Equatuticum ,Tuticum, Fovea ed infine 
Foggia.
Correndo l'anno 1073 dell'era cristiana, il 13 Agosto, alcuni nomadi pastori, intenti a pascolare i loro animali, videro levarsi, con sorpresa tre fiammelle dalle acque di una palude. Dal fondo fu ritratto un involto di tessuto greco che, trasportato nella taverna del "Gufo" (oggi chiesa di S.Tommaso) rivelò contenere numerosi e lunghi veli che nascondevano la immagine della Vergine Assunta in cielo sopra legno antico(sottratto presumibilmente alla persecuzione iconoclasta).
La città fece da punto di riferimento agli arpani che si erano diffusi in tutta la regione, i quali, rientrati, contribuirono al potenziamento del nuovo agglomerato urbano.
Fu dominata, in ordine di tempo, dai Normanni, gli Svevi e gli Angioini, ma l'epoca più gloriosa della storia di Foggia fu quella sveva di Federico II il quale predilesse Foggia fino da dichiararla sede regale ed imperiale, nell'anno 1223 come si legge ancora oggi sotto l'Arco di Porta Arpana "Sic Federicus, Caesar jussit ut urbs Fogia regalis sedesque incolta imperalis sit. A.D. 1223" .Dopo Federico di Svevia la città passò sotto il dominio di Carlo D'Angiò che fù largo di benefici per la città.Gli Aragonesi istituirono il Tribunale della Dogana riunendovi tutti gli uffici di esazione dei vettigali che erano sparsi nei vari luoghi, per i diritti regi sui pascoli.Nel 1528, Foggia fu teatro di battaglia, nella guerra fra Carlo V e Francesco I re di Francia, per la pretesa del trono di Napoli e Carlo V vincitore riconfermò per la città tutti gli antichi privilegi.
Il 20 marzo 1731, martedì santo, alle ore 4 antimeridiane, avvenne uno dei più terribili terremoti che distrusse la città quasi completamente con innumerevoli morti e feriti. Ricostruita tornò all'antico splendore sotto il regno dei Borboni. Giuseppe Buonaparte elesse Foggia "capitale delle due province di Capitanata e Contado Molise", stabilendovi la prefettura e l'intendenza ed abolendo la Dogana del Tavoliere ed il Tribunale della Dogana. Sotto il regno di Ferdinando II la Chiesa collegiale di Foggia divenne sede vescovile, staccandosi così dalla diocesi di Troia. Degno di rilievo il contributo 
dato da Foggia e dai foggiani al movimento risorgimentale italiano.
Periodi oscuri furono riservati dal destino per la città di Foggia durante la seconda guerra mondiale (1940-45).Per la sua posizione geografica e importanza logistica, Foggia dal 28 Maggio al 25 Agosto 1943, fu colpita da ben sette bombardamenti aerei, ad opera dell'aviazione anglo-americana. I più disastrosi furono quelli del 22 Luglio e 19 Agosto, per effetto dei quali 20.000 civili perdettero la vita e oltre il 70% dei suoi fabbricati vennero rasi al suolo e il restante furono gravemente danneggiati .La popolazione fu costretta ad abbandonare la città cercando rifugio nei Comuni vicini, anche gli Enti e gli uffici pubblici,furono costretti dopo i bombardamenti del 19 Agosto a trasferirsi nei Comuni di Bovino, Troia, Lucera, S.Severo, Ascoli Satriano, San Marco in Lamis. Questa dolorosa situazione durò fino a settembre dello stesso anno quando,alle ore 08.50, la città fu occupata dalle avanguardie Inglesi provenienti da Bari.
